În prezent, FCER este organizaţia care reunește, în mod liber consimţit, Comunităţile Evreiești de pe teritoriul ţării. Este recunoscută de Statul Român, ca organizaţie de utilitate publică si funcţionează autonom, cu respectarea Constituţiei, a Legilor române și a legislaţiei internaţionale   la   care   România   este   parte.

În Legea privind libertatea religioasă și a cultelor se prevede că, în România, Cultul Mozaic este reprezentat la nivel central de către Federaţia Comunităţilor Evreiești din România – FCER.

Potrivit Regulamentului său de Organizare și Funcţionare, aprobat în urma Congresului Comunităţilor Evreiești din România din septembrie 2005, FCER are următoarele Organe de Conducere:

CONGRESUL FCER

-  se reunește o dată la 4 ani

ADUNAREA GENERALĂ A FCER

-  se întrunește anual

CONSILIUL DE CONDUCERE

– 36 de membri, din care 11 președinţi de comunităţi