În prezent, FCER este organizaţia care reunește, în mod liber consimţit, Comunităţile Evreiești de pe teritoriul ţării. Este recunoscută de Statul Român, ca organizaţie de utilitate publică si funcţionează autonom, cu respectarea Constituţiei, a Legilor române și a legislaţiei internaţionale   la   care   România   este   parte.

În Legea privind libertatea religioasă și a cultelor se prevede că, în România, Cultul Mozaic este reprezentat la nivel central de către Federaţia Comunităţilor Evreiești din România – FCER.

Potrivit Regulamentului său de Organizare și Funcţionare, aprobat în urma Congresului Comunităţilor Evreiești din România din septembrie 2005, FCER are următoarele Organe de Conducere:

CONGRESUL FCER

-  se reunește o dată la 4 ani

ADUNAREA GENERALĂ A FCER

-  se întrunește anual

CONSILIUL DE CONDUCERE

– 36 de membri, din care 11 președinţi de comunităţi

COMITETUL DIRECTOR

– 9 membri, aleși din rândurile membrilor Consiliului de Conducere.

CONDUCEREA EXECUTIVĂ

Președinte, dr. Aurel Vainer Vicepreședinte, ing. Paul Schwartz Secretar General, ing. Albert Kupferberg

COMISIA DE ETICĂ

compusă din 5 membri: Președinte: Dr. Alexandru Elias Membri:   Marele Rabin Menahem Hacohen, Liviu Beris, Ida Schotek, Gilu Iuftaru

COMISII CONSULTATIVE

Conducerea F.C.E.R., membrii ai Guvernului României şi alţi invitaţi la Ziua Holocaustului